明朱权编辑的《神奇秘谱》记载此曲最早是东晋时桓伊所奏的笛曲。后由笛曲改编为古琴曲，全曲表现了梅花洁白，傲雪凌霜的高尚品性。此曲借物咏怀，通过梅花的洁白、芬芳和耐寒等特征，来颂具有高尚节操的人。此曲结构上采用循环再现的手法，重复整段主题三次，每次重复都采用泛音奏法，故称为《三弄》。体现了梅花洁白，傲雪凌霜的高尚品性。
郭茂倩《乐府诗集》卷第二十四南朝宋鲍照（约414～466）《梅花落》解题称，“《梅花落》本笛中曲也”，“今其声犹有存者”。今存唐诗中亦多有笛曲《梅花落》的描述，说明南朝至唐间，笛曲《梅花落》较为流行。
关于《梅花三弄》的乐曲内容，历代琴谱都有所介绍，南朝至唐的笛曲《梅花落》大都表现怨愁离绪的情感。
明清琴曲《梅花三弄》多以梅花凌霜傲寒，高洁不屈的节操与气质为表现内容，“桓伊出笛吹三弄梅花之调，高妙绝伦，后人入于琴。”“梅为花之最清，琴为声之最清，以最清之声写最清之物，宜其有凌霜音韵也”“三弄之意，则取泛音三段，同弦异徵云尔。” （明《伯牙心法》）从这里可看出，它首先是一首笛曲，后来才改编成古琴曲（作者究竟何人，难以定论）。值得注意的是，唐以前所称的“笛”其实即现代的箫。《梅花三弄》在清代又被改编为琴箫合奏曲，或可在一定程度上体现晋代笛曲的风格。
今演奏用谱有虞山派《琴谱谐声》（清周显祖编，1820年刻本）的琴箫合谱，其节奏较为规整，宜于合奏；广陵派晚期的《蕉庵琴谱》（清秦淮瀚辑，1868年刊本），其节奏较自由，曲终前的转调令人耳目一新。
